Na Vaticanum II

Als gevolg van het Tweede Vaticaans Concilie in de jaren zestig van de 20e eeuw veranderde nogal wat in de kerk. Het hervormingsproces verliep niet geheel volgens wens. Het kerkbezoek daalde drastisch en de maatschappij seculariseerde. Door de invoering van de landstaal, wijzigde de liturgie ingrijpend. Niet elk koor ging daar even soepel mee om. Krampachtig werd vaak vastgehouden aan de oude kerkmuziek; vaak met krachtige tegenstand van hervormers. Zo heeft menig kerk zijn Gregoriaanse traditie aan de kant gezet en de Latijnse gezangen overboord gegooid. In plaats daarvan kwamen op veel plaatsen de zogenaamde ‘beatmis’ met drum, gitaren en andere 'wereldlijke' instrumenten in plaats van het kerkorgel.

In de Onze Lieve Vrouw gingen de veranderingen niet zo drastisch. Het Gregoriaans bleef gezongen, zij het in meer bescheiden mate. Wel werden de gezangen meer in de landstaal gezongen en stond het aanleren van de psalmen centraal. Ook de Latijnse meerstemmige mis en de motetten in het Latijn werden niet overboord gegooid. Het koor houdt de traditie in ere, maar houdt ook de nieuwe ontwikkelingen bij. Er is geen voorkeur voor de muziek die niet door orgel wordt ondersteund. De beatmis deed niet zijn intrede.

Na de kerkrestauratie

In 1977, tijdens de grote restauratie van de kerk, volgde dirigent en organist Gerard Keilholtz uit Raalte Herman Hemels op. Op zijn hoge leeftijd van meer dan tachtig jaren was die niet meer in staat het koor te leiden.

Gerard Keilholtz (*1957 )voerde de gezangen in het Nederlands verder in en bracht het koor op een goed amateurniveau. Vanaf 1981 kon de gerestaureerde kerk weer in volle glorie in gebruik worden genomen. In 1983 volgde het voltooien van de restauratie van het grote Maarschalkerweerdorgel. Niettemin voelde men de behoefte om het koor voor in de kerk te krijgen om zo de betrokkenheid bij de liturgie te verhogen bij koor en gemeenschap. Daarvoor werd in 1986 een koororgel aangeschaft die in het zuidertransept staat. Toch zingt het koor meestal bij het grote orgel op het oksaal.

Het jubileum van 500 jaar

Met een tentoonstelling in het Stedelijk museum en een boek over haar geschiedenis onder de titel 'Ave Preaclara' werd in 1998 het 500 jarig bestaan van het koor gevierd. De traditie werd in ere hersteld om op 2 januari een vat bier aan te slaan en pot te verteren. Op 26 juni, de oude St. Lebuinusdag, genoemd in de oprichtingsakte, kwam kardinaal Adriaan Simonis naar Zwolle om voor te gaan in een feestelijke eucharistieviering ter gelegenheid van het jubileum.

De laatste jaren sindsdien

In 1999 vierde de parochie het feit dat in 1399, op de 26e november, de kapel werd ingewijd door de Utrechtse hulpbisschop Hubertus Schenk. Intussen had de parochie een aanvraag ingediend ter verkrijging van de status van Basilica Minor. In september werd de aanvraag weggestuurd naar Rome. Door het toevallige samenvallen van een ad lumina bezoek van de Nederlandse bisschoppen in oktober werd op 18 oktober 1999 de status van basiliek verleend door paus Johannus Paulus II.
Op 26 november ging kardinaal Johannes Willibrands op zijn hoge leeftijd van 90 jaar voor in deze speciale viering.
Aanwezig daarbij was ook de nieuwe deken van Salland Gerard de Korte, die kort daarna werd benoemd tot hulpbisschop van Utrecht. In 2008 werd Mgr.de Korte bisschop van Groningen-Leeuwarden. In 2016 werd hij bisschop van Den Bosch

In 2007 en 2008 groeide het kerkkoor van 20 naar 30 zangers. Deze onverwachte groei geeft een positieve impuls aan het koorleven en vertrouwen voor de toekomst van het inmiddels meer dan 520 jaar oude koor. In 2010 fuseerden ook de St. Stefanusparochie in Hasselt, De Onze Lieve Vrouwekerken uit, IJsselmuiden, Hattem en Kampen tot de Parochie Thomas a Kempis.